世界的推理小説家の父を持つ 高校生探偵・工藤新一。 数々の難事件を解決してきた彼は、 ある日、幼なじみの毛利蘭と デートの途中、謎の黒ずくめの男達の 取引を目撃してしまった！！ 証人を消すべく毒薬を飲まされた新一は、 何とか命をとりとめたものの、 子どもの姿になってしまう…！そして彼は 江戸川コナンの名を使い、 難解な事件を解き続ける。 全ては謎の組織の正体を突き止め、 工藤新一としての自分を取り戻す為… この世に解けない謎なんてあるはず無い！ 迷宮入りなしの名探偵、 真実はいつもひとつ！！