シティを支える“マザー・システム”の秘密を全世界に告発した“賢人会議”は、全シティに対し宣戦を布告した。行方不明の兄姉を捜す錬は、兄・真昼が“賢人会議”の参謀として、姉・月夜が“シティ・モスクワ”軍の捕虜として、ともに“シティ・ニューデリー”に向かう事を知る。“シティ・ニューデリー”の議会は、魔法士を犠牲にしながら“マザー・システム”を稼働させ続けるか、魔法士を守るために“マザー・システム”を棄てるかで紛糾していた。ヘイズの助けで“シティ・ニューデリー”に潜入した錬が出会ったのは、魔法士でありながら“マザー・システム”存続を唱える執政官アニルだった…。