ときは、戦乱と刀の時代を終息し、新たに幕が上がった「銘治時代」。政府直轄の特殊機関“御華見衆”の一員で、巫剣使いとして修行中の少年・小次郎は、名剣の乙女“巫剣”である三十二年式軍刀甲とともに、平和を掻き乱す災いの影を討つべく旅を続けていた。五虎退吉光、水心子正秀、青木兼元など、強く可愛く健気な“巫剣”たちと出会いながら成長していく小次郎と甲の前に、残酷非道な強敵・阿修羅丸一派が立ちはだかることになり―。