国内有数の蔵書数を誇る宇伊豆学園の図書館には、広大かつ深遠な“地下迷宮”が存在した。高等部に所属する図書委員の守砂尊は、ある日、立入禁止の“閉架書庫”に足を踏み入れ、この図書館に隠された真実を知る。―地下に収められた奇書や希覯本、異能の力を秘めた魔書を手に入れるため、図書委員たちが果てなき迷宮探索に挑み続けていることを―。秘密を知った守砂は、他の図書委員とチームを組んで、妖魔が跋扈する迷宮で未知の蔵書を探す“地下レファレンス”をすることに。しかし、それは楽しくも波乱に満ちた日々の幕開けで…！？