花邑毬乃はアマテラス女学園より救援要請を受ける。何でも女生徒が次々と魔力を抜かれるという“魔法テロ事件”が起こっており、これを解決して欲しいという依頼のようで―。「…という訳でコウちゃん。“女性”になってこの事件を調査してきてもらえるかしら」「ゑっ！？」天使の秘術で女体化した瀧音は淑女達が暮らす女子寮で新生活を始めていく。女学園特有のエロゲイベントを横目に次期生徒会長候補・クリスティーネと事件を追っていくのだが、裏では既プレイである瀧音の予想を上回る未曾有の危機が迫っていて…！？オンナのコになって世界を救え、女学園潜入ミッション編！