メだもんと一緒に学校生活にひそむ１５個の不思議を科学で解き明かそう！立派な星に成長するために、地球のあらゆる不思議を解明すべく、地球にやってきた星の芽、メだもん。ある日、土の中で調査をしていたところ、小学５年のあたるに引っ張り出されてしまう。そして、成長して星になるために大切な「知恵の実」を勢いで飯み込まれてしまい―！？「授業中に急にうんこがしたくなった！」「給食で食べ残したパンにカビが生えちゃった！」など、学校生活にひそむあるある現象を、メだもんとあたるが科学で解明するぞ！はたしてメだもんは、地球のような立派な星になれるのか―！？

１話　生物　メだもん登場！カビた給食のパン
２話　地学　知恵の実のチカラ「今」は地球が何回回ったとき？
３話　物理　いろはのお願い　物の重心
４話　化学　ヒミツの手紙　あぶりだしの原理
５話　生物　授業中の大ピンチ！肛門のチカラ
６話　地学　かさがない！未来の天気を知る方法
７話　物理　下敷きのパワー　静電気はなぜ起こる？
８話　生物　知恵の実の変化　黒板のイヤ〜な音の正体
９話　化学　メだもんの不安　消しゴムで文字が消えるヒミツ
１０話　物理　あたるのストレスを減らせ！　光の反射
１１話　地学　ストレス解消で元どおり！？ちり・ほこりの正体
１２話　化学　あたるが二人！？においを感じるしくみ
１３話　物理　ダーク知恵の実ＶＳあたる知恵の実　音が聞こえるしくみ
１４話　生物　運命の２回戦！！筋肉のしくみ
１５話　物理　最終決戦！！人工衛星が落ちない理由