巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。王政を打倒し、旧体制派を一掃した調査兵団。新たに手に入れた光る鉱石とエレンの硬質化能力によりウォール・マリア奪還作戦への準備を着々と進める。一方、ライナーとベルトルトは獣の巨人と共に迎撃態勢を整え……！！　そして決戦前夜、シャーディスが語るエレンの父・グリシャとの出逢い、そして「８４５年のあの日」の真実とは！？