孤島に建設されたミッション・スクール聖アリスガワ女学校。そこは日本随一にして、ヴァチカン直轄の探偵養成学校であった。探偵になるために日々勉強に励む生徒たち。そんな中、超難関と噂される、卒業のための最終特別試験が始まる。その問題は、校内にふたつある鐘楼に設置された密室において、二十四時間で主に最も近づくこと―つまりは奇蹟を起こすこと。苛烈な競争を勝ち抜いたふたりの生徒が幽閉され、特別試験がスタートするが…果たしてふたりの少女は、鐘楼尖端のおそろしい高さのラテン十字架に磔となって殺害されていた―！？前代未聞、究極の殺人事件の真相を暴くべく、ここに、“美しき神父”と“可憐な薔薇たち”の探偵合戦が幕を開ける。

愛知県の海に浮かぶ聖アリスガワ女学院。そこはヴァチカン教皇庁直轄の探偵養成学校であった。尖塔の十字架に貼り付けになった女子生徒――卒業のための最終試験の最中起こった殺人事件に可憐な探偵が挑む。