『森から有害な生物を駆除する。害虫、病原菌、草食動物…そして人間』スタートアップ企業・グリーンプラネットに勤める村岡野乃は、植物の「会話」について研究している。コマツナは虫にかじられると、ＳＯＳを出して虫の天敵を呼び寄せるなど、植物も驚くべき知性を持っていることがわかってきた。ある日、農場の視察に訪れた企業の社員が、改良された大豆を食べて救急搬送される事件が発生。さらには、原因不明の山火事や、飢えて狂暴化した猿による襲撃、森を走る「謎の野人」の目撃情報など、奇怪な出来事が相次いでいた。野乃は一連の事件を「植物による反乱」ととらえ立ち向かおうとするが…？