明治元年。唯一無二の友・沖田総司の病を治すためフランスを目指す新選組副長・土方歳三は、薩長率いる新政府軍と交戦しながら北上を続ける。劣勢を強いられる中、歳三は最新式のスペンサー銃を使いこなすため会津に山本八重を訪ねる。一方東京上野では、彰義隊と新政府軍が衝突。元新選組十番隊隊長の原田左之助も彰義隊士として奮戦。激戦の中、左之助は窮地に陥った上野寛永寺の貫主・輪王寺宮救出に向かう。この輪王寺宮こそ、新政府軍に対抗できるもう一つの錦の御旗だった。何としても輪王寺宮を土方のもとへ送るべく、左之助、最後の戦いが始まる！！