16世紀、中国が「明（ミン）」と呼ばれていた時代。時の皇帝による大粛清の嵐が吹き荒れる中、敵対する「テンプル騎士団」に属する宦官たちにより仲間を殺された、中国最後のアサシン、シャオ・ユン。復讐を果たしてゆく彼女だが、師である王陽明が敵の罠にかかる！ 絶体絶命の王陽明を救うべく、シャオ・ユンは奔る----一方、遺伝子に刻まれた記憶からその光景を見ていた、シャオ・ユンの子孫に当たる現代を生きる少女・リサは、徐々にシャオ・ユンの影響を受けていた。否応なく今も続くテンプル騎士団とアサシン教団の争いに巻き込まれたリサは、ある決意をして…？