三陸沖海底に沈む謎の船の真上に、突如として無人の貨物船が現れた。偵察に向かった海上自衛隊特別警備隊二個小隊は、船内で何者かとの戦闘の後、壊滅。そこで“サイレント・コア”土門小隊が同船に乗り込むが、未知の敵に襲われる。近接戦闘が用を成さない敵に手こずる土門たち。一方、今回の敵に一番適応しうる最強コマンド・司馬光二佐は、東京で謎のウイルスに感染し意識を失う―。混乱する中、北からはロシア海軍も近づき、日米中のにらみ合いに参加する事態に。各国が狙う、この沈没船の正体とは！？