物語の舞台は、歴史ファンの間でも注目度の高い清代末期の光緒２５　年（１８９９　年）。中国大陸に進出したイギリス、ドイツ、フランスをはじめとする西洋列強は、中国各地で分割支配を強めていた。そんな列強諸国に対抗すべく、「扶清滅洋（清を扶け西洋を滅ぼす）」のスローガンを掲げた「義和団」を名乗る集団が、山東省での暴動をきっかけに各地に広がり、社会は不安定な状況であった。そんななか、杭州・西湖のほとりにある孤山に暮らす数え年で二十一歳の丁仁は、金石学者である父・丁立誠の後を継ぎ、学究に勤しんでいた。ある日、生薬である「竜骨」に神秘的な図形や文字のようなものが刻まれていて、北京で騒動になっていることを耳にした丁仁は、丁家にかねてから出入りする北京在住の雑貨商人・元突聘に、その子細を尋ねようとする−−。