第１部　深海には面白いエピソードがいっぱい（どうやって海底を調べたらいいの？―潜水調査技術が確立するまでの苦労話、裏話
海底探検へのライセンス申請はこちら―潜水調査船パイロットが一人前になるまで
潜水調査船の上手な動かしかた教えます―マニュアルには書かれていないテクニック　ほか）
第２部　パイロットが語る「しんかい六五〇〇」の世界（日本と世界の深海潜水調査船の歴史
「しんかい六五〇〇」の仕組み
太陽の光と海　ほか）
第３部　「しんかい二〇〇〇」がもたらした十大発見（「しんかい二〇〇〇」の科学への貢献
なぜ有人の潜水調査船が必要なのか）