キャーティアシップが制御不能！地球に堕ちてくる！？地球防衛組織『バカルー・ハイペリオン！』を名乗る集団により、母艦とキャーティア大使館…つまり騎央の家が襲撃された！その結果、アオイと真奈美の防戦も空しく地上に降りていた艦長クーネは意識不明に…。システムを乗っ取られた母艦の墜落による被害を阻止するため、アメリカは核攻撃による母艦の撃破を宣言する。墜落を食い止めるためにはシステムを再起動するしかない。だが…再起動できるのは艦長クーネだけ。そして、エリスのシャトルも撃破され宇宙に上がる手段はない。この危機に一人残されたエリスはどう立ち向かうのか。