“ＳＳ”―宇宙空間に突如出現した謎の物体。真径一・二光年、長さ二光年という、人類の技術をはるかに超えた存在を、一体何者が何のためにつくり上げたのか？ＡＥ（人工実存）の研究者・遠藤を中心とした探査計画は、ＡＥ・ＨＥ２によるＳＳとのコンタクトをはかる。しかし遠藤は突然の死を遂げ、ＨＥ２からの通信も途絶えてしまう。プロジェクトは頓挫したかに思われるのだったが…。新たな“宇宙史”の幕が今、上がる。