２０３５年、近未来の日本。「人口生体」の研究中に起きた大事故“バースト”により、暴走した人口生命体“マター”が黒部峡谷一帯を侵食。人類にとって希望の地と謳われた研究都市は、政府によって立ち入りが禁じられた。それから２年後ーー。バーストで家族を失った１５歳の橘アイコは、転校生の神崎雄哉から信じがたい事実を告げられる。それはアイコも知らなかった、自身の身体に隠された“秘密”だった。それを解く鍵は、バーストの中心地“プライマリーポイント”にあるという。アイコは、案内人の神崎雄哉と護衛部隊のダイバーたちと共に、封鎖されたエリアの侵入を決意するが……。人類の未来を背負う少年、少女が出会った時、明らかになる真実とは？