４００年前に地球を飛び立って以来消息不明だった探査船“カール・セーガン”の活躍により、ヌオヴォ・パトリア星系はファージの猛攻をしのぐことができた。だが、同時期に攻撃を受けた地球連合の首都惑星ヘイヴンは完膚なきまでに破壊される。事態を憂慮したウルフ艦長は“カール・セーガン”船長ブレイク大佐の勧めに従い、強大な異星種族ヴルアーンにファージ戦争への協力を求めるが…“暗黒の艦隊”３部作、堂々完結！