中学校の卒業式を終えた日、ひと気のない海辺で自殺を図った少女・琥珀。次に意識を取り戻した彼女が目にしたのは、会ったこともない赤毛で身体の大きな男性。「ここは、あの世？」と困惑する琥珀に、子供のように無邪気な笑顔を浮かべた男は、自らを「アルケミスト」（＝錬金術師）だと名乗る。彼から「ホムンクルス」だと紹介された白髪の青年・月読を含めた三人で不思議な共同生活を送ることになった琥珀は、次第に、その頑なな心を溶かしていく―。