かつて、冬木市では七人の魔術師と英霊たちによる聖杯戦争が行われていた。だが、第二次大戦の混乱に乗じて、ある魔術師が聖杯を強奪。数十年後、その聖杯を象徴に掲げたユグドミレニア一族は魔術協会からの独立を宣言する。協会の刺客は彼らのサーヴァントに返り討ちにされ、対抗するため協会もサーヴァントを召喚。聖杯戦争のシステムが変更され、七騎対七騎という空前絶後の大戦争―聖杯大戦が勃発する。